Aby nedošlo k záměně s československou armádou, byla veškerá okupační vojenská technika označena výraznými bílými pruhy. Ministr obrany Martin Dzúr vydal rozkaz všem jednotkám o zákazu použití zbraní proti interventům. V ranních hodinách obsadili okupanti budovy důležitých úřadů a redakce sdělovacích prostředků.

S okupací nesouhlasila nejen veřejnost, ale také vláda a další politici. Předsednictvo vlády narychlo sestavilo provolání Všemu lidu Československé socialistické republiky, ve kterém odsoudilo okupaci a zároveň vyzvalo obyvatelstvo ke klidu. Sověti některé z politiků tajně odvezli do SSSR. Důležitou roli v prvních dnech sehrála opět nezávislá média, která informovala veřejnost o událostech v zemi. 22. 8. se sešel ve Vysočanech mimořádný sjezd KSČ. Bylo zvoleno nové předsednictvo i ÚV, sjezd také odsoudil okupaci a vyzval okupanty k okamžitému odchodu z ČSSR. Pokus o převrat prosovětských politiků tak nevyšel.

Sovětské vedení bylo vývojem situace zaskočeno. Rozhodlo se proto změnit taktiku a místo vojenské síly se pokusilo dosáhnout svého u jednacího stolu. Do Moskvy přiletěl prezident Ludvík Svoboda a několik dalších politiků. Spolu s těmi, kteří sem byli již dříve odvezeni, jednali se Sověty v následujících dnech o dalším postupu. Jednání v Moskvě skončila 26. 8. 1968 podpisem tzv. Moskevského protokolu. Až na Františka Kriegla všech 25 přítomných protokol podepsalo. Samotní reformisté se tak zavázali, že splní sovětské požadavky, tj. ukončí reformy a zajistí návrat k totalitnímu systému v ČSSR. Sovětům se tedy nakonec podařilo to, oč usilovali od jara 1968.

Postupně došlo k anulování závěrů Vysočanského sjezdu, v září byla obnovena cenzura, svou činnost pozvolna ukončila všechna nekomunistická uskupení. Mnoho z těch, kdo nesouhlasili s posrpnovým vývojem, odešlo do emigrace. Společnost se postupně začínala „normalizovat“.